माइक्रोस्कोपी परियोजनाएँ
भाषा: हिन्दी
पृष्ठभूमि

डेस्कटॉप एप्लिकेशन (PyQt6) · MIT

ParaScape

Toxoplasma gondii और Plasmodium falciparum के जीन साक्ष्य एक ही स्थान पर।

ParaScape अभिव्यक्ति, फ़िटनेस स्क्रीन, स्थानीयकरण, प्रोटीन विशेषताएँ, अंतःक्रियाएँ और साहित्य एनोटेशन को एक साथ लाता है। इसका उपयोग किसी जीन को खोजने, किसी स्क्रीन के हिट की जाँच करने, जीनों के समूहों की तुलना करने और आगे के प्रयोगों के लिए उम्मीदवार चुनने में करें। साथ आने वाले मानचित्रों में 8,140 T. gondii जीन और 5,720 P. falciparum जीन हैं, जिन्हें अलग-अलग देखा जाता है।

  • संस्करण 0.55.0
  • रिलीज़ see PyPI
  • Python 3.10 or newer
इंस्टॉल करें उपयोगकर्ता गाइड स्रोत कोड PyPI
ParaScape जीन मानचित्र: रंगीन समूहों में हज़ारों बिंदु, हर जीन के लिए एक, और एक चयनित जीन से संबंधित जीनों तक रेखाएँ
ParaScape की डार्क और लाइट थीम में T. gondii जीन मानचित्र; यह इस पृष्ठ की थीम के अनुसार बदलता है। हर बिंदु एक जीन है; रेखाएँ चयनित जीन को संबंधित जीनों से जोड़ती हैं। स्क्रीनशॉट ParaScape रिपॉज़िटरी (MIT) से।

यह क्या करता है

  • किसी जीन का अन्वेषण करेंपहचानकर्ताओं, प्रतीकों और विवरणों में खोजता है, फिर स्रोत साक्ष्य दिखाता है।
  • किसी गुण का पूर्वानुमान करेंबिना लेबल वाले जीनों के लिए निर्णय लेने से पहले रोके गए (held-out) पूर्वानुमानों की तुलना करता है, और संबंधित जीनों को एक ही मूल्यांकन समूह में रखता है।
  • किसी स्क्रीन की तुलना करेंजीन-स्तरीय CSV या TSV को मौजूदा साक्ष्य से जोड़ता है और अनसुलझे पहचानकर्ताओं को दिखाई देता रखता है।
  • 39 रणनीतियाँसंयुक्त डेटा को किसी दावे में बदलने के नामित तरीके, हर एक के साथ एक गाइड और फेरबदल किए गए (shuffled) डेटा के विरुद्ध एक स्व-परीक्षण।

मानचित्र पर स्थितियाँ चुनी गई विशेषताओं के एम्बेडिंग से आती हैं: पास-पास के जीनों के इनपुट समान होते हैं, जो अकेले साझा कार्य या भौतिक अंतःक्रिया नहीं दर्शाता। खोज स्कोर उम्मीदवारों को प्राथमिकता देने में मदद करते हैं; वे प्रायोगिक सत्यापन नहीं हैं। जीन तालिकाएँ और ग्राफ़ पैकेज के साथ आते हैं और ऑफ़लाइन काम करते हैं; 130 पंजीकृत डेटासेट अपने स्रोतों के साथ डेटासेट सूची में दिए गए हैं।

किसी स्क्रीन का अन्वेषण करें

  1. File → Species में जीव चुनें।
  2. किसी जीन ID को खोजें। T. gondii के लिए, File → Import data आपके स्क्रीन परिणाम जोड़ता है।
  3. जिन मापों की आप तुलना करना चाहते हैं, उनके अनुसार मानचित्र को रंगें और फ़िल्टर करें।
  4. किसी जीन का साक्ष्य पढ़ने के लिए उस पर क्लिक करें और हर प्रकार के संबंध को अलग से देखें।
  5. लैसो या ब्रश से एक समूह चुनें, फिर आगे के काम के लिए जीन सूची निर्यात करें।

ParaScape 0.55.0 इंस्टॉल करें

PyPI

pip install parascape
parascape

Python >=3.10, एक डिस्प्ले और OpenGL आवश्यक हैं। विश्लेषण CPU पर चलते हैं; pip install "parascape[gpu]" CUDA 12 ड्राइवर वाले Linux x86-64 पर NVIDIA GPU समर्थन जोड़ता है।

spaCR से

spaCR डेस्कटॉप एप्लिकेशन में, Toxoplasma पृष्ठ पर ParaScape टाइल ParaScape को उसके अपने Python एनवायरनमेंट में इंस्टॉल करती है और उसे एक अलग एप्लिकेशन के रूप में खोलती है (spaCR में अल्फ़ा के रूप में चिह्नित)। spaCR परिणामों को ParaScape में देखने के लिए, spaCR से एक जीन-स्तरीय तालिका निर्यात करें और उसे File → Import data से आयात करें।

spaCR के बारे में