Desktop-Anwendung (PyQt6) · MIT

Starplast

Evidenz zu Genen von Toxoplasma gondii und Plasmodium falciparum an einem Ort.

Starplast führt Expression, Fitness-Screens, Lokalisierung, Proteinmerkmale, Interaktionen und Annotationen aus der Literatur zusammen. Damit können Sie ein Gen nachschlagen, Treffer aus einem Screen untersuchen, Gruppen von Genen vergleichen und Kandidaten für Folgeexperimente auswählen. Die mitgelieferten Karten enthalten 8.140 Gene von T. gondii und 5.720 Gene von P. falciparum, die getrennt angezeigt werden.

Version 0.54.0
Veröffentlicht am 2026-10-05
Python 3.10 or newer

Installieren Benutzerhandbuch Quellcode PyPI

Genkarte von Starplast: Tausende Punkte, einer pro Gen, in farbigen Gruppen, mit Linien von einem ausgewählten Gen zu verwandten Genen — Die Genkarte von *T. gondii* im dunklen und im hellen Design von Starplast; sie folgt dem Design dieser Seite. Jeder Punkt ist ein Gen; Linien verbinden das ausgewählte Gen mit verwandten Genen. Bildschirmfotos aus dem Starplast-Repository (MIT).

Funktionen

Ein Gen erkundenDurchsucht Kennungen, Symbole und Beschreibungen und zeigt dann die Evidenz aus den Quellen.
Ein Merkmal vorhersagenVergleicht Vorhersagen für zurückgehaltene Gene, bevor es Zuordnungen für Gene ohne Label trifft; verwandte Gene bleiben dabei in derselben Evaluationsgruppe.
Einen Screen vergleichenVerknüpft eine CSV- oder TSV-Datei auf Genebene mit der vorhandenen Evidenz und lässt nicht aufgelöste Kennungen sichtbar.
39 StrategienBenannte Wege, die kombinierten Daten in eine Aussage zu überführen, jeweils mit einer Anleitung und einem Selbsttest gegen permutierte Daten.

Die Positionen auf der Karte stammen aus einem Embedding ausgewählter Merkmale: Benachbarte Gene haben ähnliche Eingangsdaten, was allein weder eine gemeinsame Funktion noch eine physische Interaktion belegt. Such-Scores helfen bei der Priorisierung von Kandidaten; sie sind keine experimentelle Validierung. Gentabellen und Graphen werden mit dem Paket ausgeliefert und funktionieren offline; 130 registrierte Datensätze sind mit ihren Quellen im Datensatzkatalog aufgeführt.

Einen Screen erkunden

Wählen Sie den Organismus unter File → Species.
Suchen Sie nach einer Gen-ID. Für T. gondii fügt File → Import data Ihre Screen-Ergebnisse hinzu.
Färben und filtern Sie die Karte nach den Messwerten, die Sie vergleichen möchten.
Klicken Sie auf ein Gen, um seine Evidenz zu lesen und jede Art von Beziehung getrennt zu prüfen.
Wählen Sie eine Gruppe mit Lasso oder Pinsel aus und exportieren Sie dann die Genliste für Folgeuntersuchungen.

Starplast 0.54.0 installieren

PyPI

pip install starplast
starplast

Erfordert Python >=3.10, eine Anzeige und OpenGL. Analysen laufen auf der CPU; pip install "starplast[gpu]" ergänzt Unterstützung für NVIDIA-GPUs unter Linux x86-64 mit einem CUDA-12-Treiber.

Aus spaCR

In der Desktop-Anwendung von spaCR installiert die Starplast-Kachel auf der Seite Toxoplasma Starplast in einer eigenen Python-Umgebung und öffnet es als separate Anwendung (in spaCR als Alpha gekennzeichnet). Um spaCR-Ergebnisse in Starplast anzusehen, exportieren Sie eine Tabelle auf Genebene aus spaCR und importieren Sie sie mit File → Import data.