桌面应用程序（PyQt6） · MIT
Starplast
Toxoplasma gondii 和 Plasmodium falciparum 的基因证据集中于一处。
Starplast 将表达、适应度筛选、定位、蛋白质特征、相互作用和文献注释汇集在一起。可用于查询基因、研究筛选中的命中基因、比较基因组别，以及为后续实验挑选候选基因。随附的图谱包含 8,140 个 T. gondii 基因和 5,720 个 P. falciparum 基因，分别查看。
- 版本 0.54.0
- 发布于 2026-10-05
- Python 3.10 or newer
功能
- 浏览基因搜索标识符、符号和描述，然后显示来源证据。
- 预测性状在对未标注基因作出判定之前先比较留出（held-out）预测，并将相关基因保留在同一评估组中。
- 比较筛选将基因水平的 CSV 或 TSV 与现有证据合并，并保留未解析的标识符以供查看。
- 39 种策略将合并数据转化为结论的命名方法，每种都附有指南和针对打乱数据的自检。
图谱上的位置来自所选特征的嵌入：相邻基因的输入相似，但仅凭这一点并不能说明功能相同或存在物理相互作用。搜索得分有助于确定候选基因的优先顺序，但不是实验验证。基因表和图随软件包提供，可离线使用；130 个已登记的数据集及其来源列于数据集目录中。
浏览筛选结果
- 在 File → Species 中选择物种。
- 搜索基因 ID。对于 T. gondii，可通过 File → Import data 添加您的筛选结果。
- 按要比较的测量值为图谱着色和筛选。
- 点击基因以查看其证据，并分别检查每种关系类型。
- 用套索或画笔选择一组基因，然后导出基因列表用于后续工作。
安装 Starplast 0.54.0
PyPI
pip install starplast
starplast需要 Python >=3.10、显示器和 OpenGL。分析在 CPU 上运行；pip install "starplast[gpu]" 可在装有 CUDA 12 驱动的 Linux x86-64 上添加 NVIDIA GPU 支持。
通过 spaCR
在 spaCR 桌面应用程序中，Toxoplasma 页面上的 Starplast 磁贴会将 Starplast 安装到其独立的 Python 环境中，并作为单独的应用程序打开（在 spaCR 中标记为 alpha 版）。要在 Starplast 中查看 spaCR 结果，请从 spaCR 导出基因水平的表格，再通过 File → Import data 导入。