Aplicativo de desktop (PyQt6) · MIT
Starplast
Evidências gênicas para Toxoplasma gondii e Plasmodium falciparum em um só lugar.
O Starplast reúne expressão, triagens de fitness, localização, características de proteínas, interações e anotações da literatura. Use-o para consultar um gene, investigar hits de uma triagem, comparar grupos de genes e escolher candidatos para experimentos de acompanhamento. Os mapas incluídos contêm 8.140 genes de T. gondii e 5.720 genes de P. falciparum, visualizados separadamente.
- Versão 0.54.0
- Lançada em 2026-10-05
- Python 3.10 or newer
O que ele faz
- Explorar um genePesquisa identificadores, símbolos e descrições e, em seguida, mostra as evidências das fontes.
- Prever uma característicaCompara as previsões em dados reservados antes de fazer atribuições para genes sem rótulo, mantendo genes relacionados no mesmo grupo de avaliação.
- Comparar uma triagemUne um CSV ou TSV no nível de gene às evidências existentes e mantém visíveis os identificadores não resolvidos.
- 39 estratégiasFormas nomeadas de transformar os dados combinados em uma afirmação, cada uma com um guia e um autoteste com dados embaralhados.
As posições no mapa vêm de um embedding de características selecionadas: genes próximos têm entradas semelhantes, o que por si só não mostra uma função compartilhada nem uma interação física. As pontuações de busca ajudam a priorizar candidatos; elas não são validação experimental. As tabelas e os grafos de genes vêm com o pacote e funcionam offline; 130 conjuntos de dados registrados estão listados com suas fontes no catálogo de conjuntos de dados.
Explorar uma triagem
- Escolha o organismo em File → Species.
- Pesquise um ID de gene. Para T. gondii, File → Import data adiciona os resultados da sua triagem.
- Colora e filtre o mapa pelas medições que você deseja comparar.
- Clique em um gene para ler suas evidências e inspecionar cada tipo de relação separadamente.
- Selecione um grupo com um laço ou um pincel e, em seguida, exporte a lista de genes para acompanhamento.
Instalar o Starplast 0.54.0
PyPI
pip install starplast
starplastRequer Python >=3.10, uma tela e OpenGL. As análises são executadas na CPU; pip install "starplast[gpu]" adiciona suporte a GPU NVIDIA no Linux x86-64 com um driver CUDA 12.
Pelo spaCR
No aplicativo de desktop do spaCR, o bloco do Starplast na página Toxoplasma instala o Starplast em seu próprio ambiente Python e o abre como um aplicativo separado (marcado como alfa no spaCR). Para ver resultados do spaCR no Starplast, exporte uma tabela no nível de gene do spaCR e importe-a com File → Import data.
Links e licença
- Código-fonteRepositório no GitHub, issues e versões.
- PyPIO pacote starplast.
- DocumentaçãoGuia do usuário, API Python e uma introdução de 40 slides.
- AlteraçõesO que cada versão alterou.
- CitarCite o Starplast e as fontes originais dos conjuntos de dados que você usar.
- Licença MITPara o código-fonte; os conjuntos de dados de origem e as ilustrações de terceiros mantêm suas próprias licenças.