Mikroskopiprojekt
Språk: Svenska
Bakgrund

Skrivbordsprogram (PyQt6) · MIT

Starplast

Genevidens för Toxoplasma gondii och Plasmodium falciparum på ett ställe.

Starplast samlar uttryck, fitnesscreener, lokalisering, proteinegenskaper, interaktioner och annoteringar från litteraturen. Använd det för att slå upp en gen, undersöka träffar från en screen, jämföra grupper av gener och välja kandidater för uppföljande experiment. De medföljande kartorna innehåller 8 140 gener från T. gondii och 5 720 gener från P. falciparum, som visas var för sig.

  • Version 0.54.0
  • Släppt 2026-10-05
  • Python 3.10 or newer
Installera Användarhandbok Källkod PyPI
Genkarta i Starplast: tusentals punkter, en per gen, i färgade grupper, med linjer från en vald gen till besläktade gener
Genkartan för T. gondii i det mörka och det ljusa temat i Starplast; den följer den här sidans tema. Varje punkt är en gen; linjer kopplar den valda genen till besläktade gener. Skärmbilder från Starplast-förrådet (MIT).

Vad det gör

  • Utforska en genSöker i identifierare, symboler och beskrivningar och visar sedan evidensen från källorna.
  • Förutsäg en egenskapJämför förutsägelser för undanhållna gener innan det gör bedömningar för omärkta gener, och håller besläktade gener i samma utvärderingsgrupp.
  • Jämför en screenKopplar en CSV- eller TSV-fil på gennivå till befintlig evidens och håller olösta identifierare synliga.
  • 39 strategierNamngivna sätt att omsätta de kombinerade data till ett påstående, var och en med en guide och ett självtest mot omblandade data.

Positionerna på kartan kommer från en inbäddning av utvalda särdrag: närliggande gener har liknande indata, vilket i sig varken visar en gemensam funktion eller en fysisk interaktion. Sökpoäng hjälper till att prioritera kandidater; de är inte experimentell validering. Gentabeller och grafer följer med paketet och fungerar offline; 130 registrerade datamängder listas med sina källor i datamängdskatalogen.

Utforska en screen

  1. Välj organism under File → Species.
  2. Sök efter ett gen-ID. För T. gondii lägger File → Import data till dina screenresultat.
  3. Färga och filtrera kartan efter de mätningar du vill jämföra.
  4. Klicka på en gen för att läsa dess evidens och granska varje typ av relation separat.
  5. Välj en grupp med lasso eller pensel och exportera sedan genlistan för uppföljning.

Installera Starplast 0.54.0

PyPI

pip install starplast
starplast

Kräver Python >=3.10, en skärm och OpenGL. Analyserna körs på CPU; pip install "starplast[gpu]" lägger till stöd för NVIDIA-GPU på Linux x86-64 med en drivrutin för CUDA 12.

Från spaCR

I skrivbordsprogrammet spaCR installerar Starplast-rutan på sidan Toxoplasma Starplast i en egen Python-miljö och öppnar det som ett separat program (markerat som alfa i spaCR). För att titta på spaCR-resultat i Starplast exporterar du en tabell på gennivå från spaCR och importerar den med File → Import data.

Om spaCR