Aplicación de escritorio (PyQt6) · MIT
Starplast
Evidencia génica para Toxoplasma gondii y Plasmodium falciparum en un solo lugar.
Starplast reúne expresión, cribados de aptitud, localización, características de las proteínas, interacciones y anotaciones de la literatura. Úselo para consultar un gen, investigar los hits de un cribado, comparar grupos de genes y elegir candidatos para experimentos de seguimiento. Los mapas incluidos contienen 8140 genes de T. gondii y 5720 genes de P. falciparum, que se visualizan por separado.
- Versión 0.54.0
- Publicada el 2026-10-05
- Python 3.10 or newer
Qué hace
- Explorar un genBusca en identificadores, símbolos y descripciones y, a continuación, muestra la evidencia de las fuentes.
- Predecir un rasgoCompara las predicciones en datos reservados antes de hacer asignaciones para genes sin etiqueta, y mantiene los genes relacionados en el mismo grupo de evaluación.
- Comparar un cribadoUne un CSV o TSV a nivel de gen con la evidencia existente y mantiene visibles los identificadores no resueltos.
- 39 estrategiasFormas con nombre de convertir los datos combinados en una afirmación, cada una con una guía y una autoprueba con datos permutados.
Las posiciones en el mapa proceden de un embedding de características seleccionadas: los genes cercanos tienen entradas similares, lo cual por sí solo no demuestra una función compartida ni una interacción física. Las puntuaciones de búsqueda ayudan a priorizar candidatos; no son una validación experimental. Las tablas y los grafos de genes se incluyen en el paquete y funcionan sin conexión; 130 conjuntos de datos registrados figuran con sus fuentes en el catálogo de conjuntos de datos.
Explorar un cribado
- Elija el organismo en File → Species.
- Busque un ID de gen. Para T. gondii, File → Import data añade los resultados de su cribado.
- Coloree y filtre el mapa según las mediciones que desee comparar.
- Haga clic en un gen para leer su evidencia e inspeccionar cada tipo de relación por separado.
- Seleccione un grupo con un lazo o un pincel y, a continuación, exporte la lista de genes para el seguimiento.
Instalar Starplast 0.54.0
PyPI
pip install starplast
starplastRequiere Python >=3.10, una pantalla y OpenGL. Los análisis se ejecutan en la CPU; pip install "starplast[gpu]" añade compatibilidad con GPU NVIDIA en Linux x86-64 con un controlador CUDA 12.
Desde spaCR
En la aplicación de escritorio de spaCR, el mosaico de Starplast de la página Toxoplasma instala Starplast en su propio entorno de Python y lo abre como una aplicación independiente (marcada como alfa en spaCR). Para ver resultados de spaCR en Starplast, exporte una tabla a nivel de gen desde spaCR e impórtela con File → Import data.
Enlaces y licencia
- Código fuenteRepositorio de GitHub, incidencias y versiones.
- PyPIEl paquete starplast.
- DocumentaciónGuía del usuario, API de Python y una introducción de 40 diapositivas.
- CambiosQué cambió en cada versión.
- CitarCite Starplast y las fuentes originales de los conjuntos de datos que utilice.
- Licencia MITPara el código fuente; los conjuntos de datos de origen y las ilustraciones de terceros mantienen sus propias licencias.