Application de bureau (PyQt6) · MIT

Starplast

Les données probantes sur les gènes de Toxoplasma gondii et de Plasmodium falciparum réunies en un seul endroit.

Starplast rassemble expression, cribles de fitness, localisation, caractéristiques des protéines, interactions et annotations issues de la littérature. Utilisez-le pour consulter un gène, examiner les hits d’un crible, comparer des groupes de gènes et choisir des candidats pour des expériences de suivi. Les cartes fournies contiennent 8 140 gènes de T. gondii et 5 720 gènes de P. falciparum, affichés séparément.

Version 0.54.0
Publiée le 2026-10-05
Python 3.10 or newer

Installer Guide de l’utilisateur Code source PyPI

Carte des gènes de Starplast : des milliers de points, un par gène, en groupes colorés, avec des lignes reliant un gène sélectionné à des gènes apparentés — La carte des gènes de *T. gondii* dans les thèmes sombre et clair de Starplast ; elle suit le thème de cette page. Chaque point est un gène ; les lignes relient le gène sélectionné à des gènes apparentés. Captures d’écran du dépôt Starplast (MIT).

Ce qu’il fait

Explorer un gèneRecherche dans les identifiants, les symboles et les descriptions, puis affiche les données probantes des sources.
Prédire un caractèreCompare les prédictions sur données réservées avant d’attribuer des valeurs aux gènes non étiquetés, en gardant les gènes apparentés dans le même groupe d’évaluation.
Comparer un cribleAssocie un fichier CSV ou TSV au niveau des gènes aux données probantes existantes et laisse visibles les identifiants non résolus.
39 stratégiesDes méthodes nommées pour transformer les données combinées en une affirmation, chacune avec un guide et un autotest sur des données permutées.

Les positions sur la carte proviennent d’un plongement (embedding) de caractéristiques sélectionnées : des gènes proches ont des entrées similaires, ce qui ne montre pas à lui seul une fonction commune ou une interaction physique. Les scores de recherche aident à hiérarchiser les candidats ; ils ne constituent pas une validation expérimentale. Les tables et les graphes de gènes sont fournis avec le paquet et fonctionnent hors ligne ; 130 jeux de données enregistrés sont répertoriés avec leurs sources dans le catalogue des jeux de données.

Explorer un crible

Choisissez l’organisme dans File → Species.
Recherchez un identifiant de gène. Pour T. gondii, File → Import data ajoute les résultats de votre crible.
Colorez et filtrez la carte selon les mesures que vous souhaitez comparer.
Cliquez sur un gène pour lire ses données probantes et examiner séparément chaque type de relation.
Sélectionnez un groupe au lasso ou au pinceau, puis exportez la liste de gènes pour le suivi.

Installer Starplast 0.54.0

PyPI

pip install starplast
starplast

Nécessite Python >=3.10, un écran et OpenGL. Les analyses s’exécutent sur le CPU ; pip install "starplast[gpu]" ajoute la prise en charge des GPU NVIDIA sous Linux x86-64 avec un pilote CUDA 12.

Depuis spaCR

Dans l’application de bureau spaCR, la tuile Starplast de la page Toxoplasma installe Starplast dans son propre environnement Python et l’ouvre comme une application distincte (marquée alpha dans spaCR). Pour examiner des résultats de spaCR dans Starplast, exportez une table au niveau des gènes depuis spaCR et importez-la avec File → Import data.