현미경 프로젝트
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데스크톱 애플리케이션(PyQt6) · MIT

Starplast

Toxoplasma gondii와 Plasmodium falciparum의 유전자 근거를 한곳에서.

Starplast는 발현, 적합도 스크린, 국재, 단백질 특징, 상호작용 및 문헌 주석을 한데 모읍니다. 유전자 조회, 스크린 히트 조사, 유전자 그룹 비교, 후속 실험 후보 선정에 사용할 수 있습니다. 함께 제공되는 맵에는 T. gondii 유전자 8,140개와 P. falciparum 유전자 5,720개가 있으며, 각각 따로 표시됩니다.

  • 버전 0.54.0
  • 출시 2026-10-05
  • Python 3.10 or newer
설치 사용자 가이드 소스 코드 PyPI
Starplast 유전자 맵: 유전자마다 하나씩 수천 개의 점이 색깔별 그룹으로 표시되고, 선택한 유전자 하나에서 관련 유전자로 선이 이어짐
Starplast의 다크 및 라이트 테마로 표시한 T. gondii 유전자 맵이며, 이 페이지의 테마를 따릅니다. 각 점은 유전자이며, 선은 선택한 유전자를 관련 유전자와 연결합니다. 스크린샷 출처: Starplast 저장소(MIT).

기능

  • 유전자 탐색식별자, 기호 및 설명을 검색한 다음 출처 근거를 보여 줍니다.
  • 형질 예측레이블이 없는 유전자를 판정하기 전에 보류(held-out) 예측을 비교하며, 관련 유전자는 같은 평가 그룹에 유지합니다.
  • 스크린 비교유전자 수준 CSV 또는 TSV를 기존 근거와 결합하고, 확인되지 않은 식별자도 계속 표시합니다.
  • 39가지 전략결합된 데이터를 하나의 주장으로 만드는 이름 붙은 방법으로, 각각 가이드와 셔플된 데이터에 대한 자체 검정이 있습니다.

맵의 위치는 선택된 특징의 임베딩에서 나옵니다. 가까이 있는 유전자는 입력이 비슷하지만, 그것만으로 기능 공유나 물리적 상호작용을 보여 주지는 않습니다. 검색 점수는 후보의 우선순위를 정하는 데 도움이 되지만 실험적 검증은 아닙니다. 유전자 표와 그래프는 패키지에 포함되어 오프라인으로 작동하며, 등록된 데이터 세트 130개가 출처와 함께 데이터 세트 카탈로그에 나열되어 있습니다.

스크린 탐색

  1. File → Species에서 생물종을 선택합니다.
  2. 유전자 ID를 검색합니다. T. gondii의 경우 File → Import data로 스크린 결과를 추가합니다.
  3. 비교할 측정값에 따라 맵을 색칠하고 필터링합니다.
  4. 유전자를 클릭해 근거를 읽고, 관계 유형별로 따로 살펴봅니다.
  5. 올가미나 브러시로 그룹을 선택한 다음, 후속 작업을 위해 유전자 목록을 내보냅니다.

Starplast 0.54.0 설치

PyPI

pip install starplast
starplast

Python >=3.10, 디스플레이 및 OpenGL이 필요합니다. 분석은 CPU에서 실행되며, pip install "starplast[gpu]"는 CUDA 12 드라이버가 있는 Linux x86-64에서 NVIDIA GPU 지원을 추가합니다.

spaCR에서

spaCR 데스크톱 애플리케이션의 Toxoplasma 페이지에 있는 Starplast 타일은 Starplast를 별도의 Python 환경에 설치하고 별도 애플리케이션으로 엽니다(spaCR에서 알파로 표시). spaCR 결과를 Starplast에서 보려면 spaCR에서 유전자 수준 표를 내보낸 다음 File → Import data로 가져옵니다.

spaCR 정보